Natura 2000 -verkosto
Natura 2000 -verkoston tarkoituksena on turvata luontodirektiivissä määriteltyjen luontotyyppien ja lajien elinympäristöjä. Tällaisia luontotyyppejä on Euroopassa noin 200 ja lajeja noin 700. Suomessa Natura 2000 -verkosto kattaa viisi miljoonaa hehtaaria. Tästä maa-alueita on kolme neljäsosaa ja vesialueita yksi neljäsosa. Natura 2000 -verkostoon sisältyy suuri osa suojelualueista, jotka kuuluivat aiemmin eri ohjelmiin, kuten lintuvesien, rantojen, soiden, lehtojen ja vanhojen metsien suojeluohjelmiin, sekä arvokkaista kansallismaisemista. Lisätietoja Natura 2000 -verkostosta ja siihen kuuluvista alueista on ympäristöhallinnon yhteisessä verkkopalvelussa.
Mustasaaressa Natura 2000 -verkostoon kuuluvat Merenkurkun saaristo, Ängesholmen, Iskmo Ön, Vassorfjärden, Sidländet, Vedahugget, Igelträsket, Södra Stadsfjärden, Söderfjärden ja Furubacken. Osia Karperöfjärdenistä sisältyy valtakunnalliseen lintuvesiensuojeluohjelmaan. Björköby ja Kyrönjoki kuuluvat valtakunnallisesti arvokkaisiin kansallismaisemiin. Merenkurkun saaristo kuuluu Suomen 27 kansallismaiseman joukkoon. Ne antavat edustavimman kuvan luonto- ja kulttuuripiirteistä. Merenkurkun saaristo on myös Unescon maailmanperintöluettelossa.
Natura 2000 -verkostoon kuuluu Närpiöstä Kackurmossenin, Risnäsmossenin, Sanemossenin, Hinjärvin, Orrmosslidenin ja Bredmossmyranin alueet sekä osia Närpiön saaristosta. Kaskisista verkostoon kuuluu osia saaristosta.
Kristiinankaupungissa Natura 2000 -verkostoon kuuluvat tärkeät virkistysalueet Pyhävuori (Etelävuori ja Puskavuori, Storgäspotten ja Santaheininrämäkkä), joilla on vaihtelevia kallioalueita, ja Tiilitehtaanmäen ja Pohjoislahden metsät, jotka sisältävät erilaisia metsä- ja kulttuurimaisemia, sekä Kristiinankaupungin saaristo. Pyhävuori ja Tiilitehtaanmäki tarjoavat suojaa uhanalaisille lajeille (kuten siperiankärhölle Pyhävuorella) ja sen lisäksi monipuolisia vaellusreittejä kuntoilusta ja ulkoilusta kiinnostuneille. Tärkeitä lintujensuojelualueita ovat muun muassa Kristiinankaupungin saaristo, Lålbyn pellot, Lapväärtin kosteikot ja Lapväärtinjoen suisto. Lapväärtin kosteikot käsittävät Härkmerifjärdenin, Syndersjönin ja Blomträsketin. Yhdessä nämä kosteikot muodostavat merilintujen tärkeän elinalueen. Lapväärtinjoen suisto käsittää suurimman osan Lapväärtinjoen–Isojoen vesistöstä, Änikoskmossenin–Stormossenin suoalueesta ja metsistä näiden alueiden välissä. Alueelta löytyy kansallisesti arvokkaita lajeja kuten meritaimen ja jokihelmisimpukka.